中国少数民族文物保护协会设秘书处，负责处理日常工作，下设办公室、财务部、会员部。还设若干专业委员会和文物保护基金、调研部及人才培训交流中心、信息中心，分别负责各项业务工作。
中国少数民族文物保护协会英文译名为China Association for Preservation of Ethmic Minorities’Relics，英文缩写为CAPEMR。
工作委员会包括
民族文物鉴定专业委员会
文化艺术工作委员会
对外合作联络工作委员会
民族文化产业发展委员会（与中国少数民族文化艺术促进会共建）
影视专业工作委员会
民族民居研究会
民族传统技艺研究会
巴人文化研究会
本会吸收团体会员和个人会员。有关社会团体和企事业单位都可申请为本会团体会员。
本会所属地方团体会员名单如下:
常务理事单位（团体会员单位）
中国少数民族文物保护协会理事单位
内蒙古博物馆
宁夏回族自治区博物馆
甘肃省博物馆
广西民族博物馆
西藏博物馆
青海省博物馆
中央民族大学博物馆
中南民族大学民族学博物馆
海南省民族博物馆
甘肃省临夏回族自治州博物馆
湖南省湘西土家族苗族自治州博物馆
吉林省延边州博物馆
内蒙古泰和博物馆
北京市原宣武区回民小学教育基地
河北省丰宁县满族自治县满族博物馆
山东省烟台市博物馆
山东省长岛县博物馆
深圳市大世界投资集团
2组织机构领导成员
名誉会长：
乌云其木格（女，蒙古族） 全国人大常委会副委员长
陈至立（女） 全国人大常委会副委员长
白立忱（回族） 全国政协副主席
厉无畏 全国政协副主席
许嘉璐 原全国人大常委会副委员长
吕琳（女） 中国少数民族文物保护协会原会长
丹珠昂本（藏族） 国家民族事务委员会副主任
赵延年（回族） 原国家民族事务委员会常务副主任
江家福（壮族） 中华民族团结进步协会会长、原国家民族事务委员会副主任
李晋有 原国家民族事务委员会副主任
顾问
布赫（蒙古族） 铁木耳达瓦买提（维吾尔族） 杨汝岱
赵南起（朝鲜族） 林佳媚（女） 阎明复 龚心瀚 徐志坚
任玉岭 田鹤年 马自树 柴泽民 郑一民 孟宪忠
会长（法人）：杨华山（回族）
副会长（按姓氏笔画排序）
一西平措（藏族） 于今（满族） 肖厚忠 张秉国 张志文 张峰 杨春光 李仲华 胡立新
赵建新 赵洪光（回族） 格勒（藏族） 登巴大吉（藏族） 彭国富
副秘书长
（按姓氏画排序）
于潭 王爱军 王刚 李吉阳（朝鲜族） 赵大宝 齐志 回岳 姚楚明
财务总监：朱伟（女）
办公室主任：齐振祥
